Для этого нужно вставить html код баннера, полученый от брокера, добавить в подходящее место вашей страницы. Pop-up баннеры можно размещать в любом удобном для Вас месте страницы, это не повлеяет на работу сайта.
Кодировка CMS укоза - UTF8, ее и устанавливайте. Но, реклама от tak.ru может некорректно работать под браузером опера. Чтобы устранить ошибку с tak.ru - удалите все разделиели между объявлениями, кроме <br>
Каждый рекламодатель (брокер) дает возможность изменить внешний вид рекламы.
На примере WMlink.ru: Мои сайты -> в меню функции, в таблице со списком сайтов, напротив необходимого сайта есть меню "настроить блок ссылок", там и настраиваете внешность рекламы. Если ваш сайт использует CSS, то реклама примет вид шаблона с таблицы CSS
Чтобы отредактировать дизайн всех страниц сайта одновременно (допустим заменить изображение-логотип на всех страницах), воспользуйесь "Конструктором Шаблонов", доступ к которому можно получить из панели управления сайтом (Дизайн -> Конструктор шаблонов). Загрузите свой шаблон в конструктор, и отредактируйте необходимый участок шаблона (в конструкторе отобразится html код общий, для всех активных модулей сайта). Имейте ввиду, что все изменения отобразяся на всех страницах, поетому рекомендую каждый раз сохранять свой шаблон!
Таким образом Вы сможете добавить новый элемент дизайна непосредственно на все страницы сайта, или просто содрать исходник любого шаблона ;)